噴碼機內部結構主要分為兩個部分：
1. 光電眼
光電眼的作用：光電眼（光電傳感器）是噴碼機應用中用于檢測被噴印物的感應器。光電眼每檢測到一件產品，就會發出一個信號給噴碼機，噴碼機就會噴印一條信息。這個信號就稱為“噴印”觸發信號。光電眼的安裝：光電眼須安裝在噴頭的前方，以便產品在到噴頭前就被檢測到，必須盡可能靠近噴頭，并和產品保持一定距離，以保證一致可靠的觸發。
2. 同步器
當噴碼機應用在速度不斷變化或經常開/停的生產線上噴印時，為了確保噴印寬度的一致，不受生產線速度變化的影響（如果生產線速度沒有超過使用中的墨點所允許的最大速度），都有必要使用一個同步器。同步器安裝在生產線上一個方便的地方，生產線每移動一米，它就會發出一定數量的脈沖信號。如果生產線移動的速度慢下來或停止，脈沖也會跟著慢下來或停止。同樣地，如果生產線移動的速度增加，脈沖的頻率也會跟著增加。這樣同步器就可以模擬線速度。同步器發出的信號回到噴碼機，用以控制噴印的頻率。
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